Здесь ученые обсуждают уже непосредственно методологические ориентиры — стандарты обоснования, проверки и т.н. Уладить возникший диссенсус ученым помогает обращение к базисным когнитивным ценностям, определяющим сам смысл научного продвижения. Но существует возможность еще более серьезных разногласий — это разногласия на самом верхнем, ценностном (или аксиологическом) уровне. В этом случае ученые дискутируют по поводу самих целей науки. Разногласия, достигшие этого уровня, оказываются самыми непримиримыми: либо ученые должны соглашаться между собой относительно ценностного фундамента науки, либо следует считать, что эти разногласия вообще рационально неразрешимы. Иерархическую модель можно проиллюстрировать следующей простой схемой (слегка модифицированной относительно исходной схемы Л. Лаудана): Разумеется, расхождения относительно понимания целей и ценностей науки наблюдаются в научном сообществе весьма нередко; тем более что общий аксиологический базис науки со временем меняется. Однако это не означает, что наука поэтому должна распасться на группы непримиримых спорщиков, между которыми вообще невозможна рациональная коммуникация. Иерархическая модель показывает, как действительно разрешаются многие разногласия в науке. Однако она срабатывает далеко не всегда. В реалиях научного познания, как полагает Л. Лаудан, между описанными уровнями происходит и более сложное взаимодействие.
Например, необязательно длительное разногласие в фактуальных и методологических вопросах имеет причиной разногласие именно в целях и, наоборот, согласие на высшем уровне совсем не означает достижения согласия по поводу методов или фактов. Л. Лаудан предлагает заменить исходную структуру т.н. сетевой (reticulational) моделью, согласно которой все три уровня взаимно обосновывают друг друга, служат инструментом перекрестной оценки и критики. Помимо прочего, это означает, что обсуждение целей тоже может (и должно) происходить рациональным образом. Среди принципов рациональной критики целей Л. Лаудан называет такие, как проверка цели на предмет ее реализуемости, на согласованность между декларируемыми и действительно преследуемыми целями. Таким образом, сетевая модель требует достаточно широкого согласования ориентиров научной деятельности — целей, убеждений, методов, ценностей. В критико-аргументационных процессах научного познания переплетаются аксиология, методология и эмпирический базис, при этом не существует какого-то привилегированного, решающего уровня обсуждения, не существует какой-то единственной цели исследования. Сетевая модель показывает, что рациональность науки следует понимать в расширенном смысле.